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/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00454 < prev    next >
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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  44 lines
  1. ***********************************
  2. * Ribosomal protein L6 signatures *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein L6 is one of  the proteins from the large ribosomal subunit.
  6. In  Escherichia coli,  L6    is  known to bind directly to the 23S rRNA and is
  7. located  at the aminoacyl-tRNA binding site of the peptidyltransferase center.
  8. It belongs to a family  of ribosomal  proteins which, on the basis of sequence
  9. similarities [1,2,3,4], groups:
  10.  
  11.  - Eubacterial L6.
  12.  - Archaebacterial L6.
  13.  - Cyanelle L6.
  14.  - Marchantia polymorpha mitochondrial L6.
  15.  - Yeast mitochondrial YmL6 (gene MRPL6).
  16.  - Mammalian L9.
  17.  - Pea L9(GA).
  18.  - Yeast L9 (YL11).
  19.  
  20. While all the above proteins are evolutionary related  it is very difficult to
  21. derive a pattern that will find them all.   We therefore decided to create two
  22. patterns, the first to detect eubacterial, cyanelle and  mitochondrial L6, the
  23. second to detect archebacterial L6 as well as eukaryotic L9.
  24.  
  25. -Consensus pattern: P-[DE]-x-Y-K-G-K-G-[LIVM]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Consensus pattern: Q-x(3)-[LIVM]-x(2)-[KR]-x(2)-R-x-F-x-D-G-[LIVM]-Y-[LIVM]-
  30.                     x(2)-[KR]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  35.  
  36. [ 1] Suzuki K., Olvera J., Wool I.G.
  37.      Gene 93:297-300(1990).
  38. [ 2] Schwank S., Harrer R., Schueller H.-J., Schweizer E.
  39.      Curr. Genet. 24:136-140(1993).
  40. [ 3] Golden B.L., Ramakrishnan V., White S.W.
  41.      EMBO J. 12:4901-4908(1993).
  42. [ 4] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K., Suzuki K.
  43.      Protein Seq. Data Anal. 5:301-313(1993).
  44.